蛋白质分离器的本质就是一台综合性的气浮分离机。即以气浮分离的形式对水中的悬浮杂质进行撇除。因为在气浮的时同，鼓入了大量空气或臭氧，使反应桶内的水质发生了大量的变化，基本的影响如下：

　　一、如果射流器鼓入的是空气，则水中的溶氧量会大大增加，对于循环水养殖来讲，溶氧量增加对高密度养殖是十分有利的;

　　二、水中的溶氧度增加，水体的ORP即氧化还原电位会显著上升。这样，水中某些具有还原性的离子会被氧化。如亚铁离子会被氧化成铁离子。在此过程中，这些离子会消耗掉一部分氧气。具体消耗多少要依水中还原性离子或悬浮物的多少而定;

　　三、空气与水在气浮的过程中充分接触，导致二氧化碳的溶解量增加。这样会降低水体的PH值。但毕竟空气中的二氧化碳含量极低，所以在大量气泡的作用下，水中本已溶解的二氧化碳会析出。两者相抵后，水中所有的二氧化碳总量会减少。导致最终水的PH值升高(碱性增强)。二氧化碳会与水中的钙、镁离子结合生成碳酸钙或碳酸镁沉淀。从而降低水的硬度;

　　四、在去除水中的氨氮的所有方法中，最为经济的一种方法就是空气吹脱法，蛋白质分离器在气浮分离的过程中，大量的气体从水中溢出，可以在某种程度上将水中的氨氮带走。而且水中的氨氮含量越高，空气吹脱的作用越明显;

　　五、如果蛋白质分离器吸入的气体为臭氧(即蛋白质分离器与臭氧发生器联袂使用)，则蛋白质分离器的反应桶即可视为臭氧混合塔。臭氧与水充分混合后的液体我们称作是臭氧水。它具有强烈的氧化及脱色使用。在能与臭氧反应的物质中，基本是按照还原性的强弱来进行的。一般来讲，水中的有机悬浮物最先与臭氧反应，如蛋白质、有机胶体等等。除了这些悬浮物，一些可溶解于水的无机物如氨氮、亚铁离子、某些渔药残留等，都可以与臭氧发生氧化还原反应。如果臭氧与这些物质反应后的的残留浓度仍然是过量的，则会随着水流进入下一道循环程序。此时它才开始起到杀死水中的细菌和病毒的作用。因此，如何控制蛋白质分离器出水口残留臭氧的浓度，不仅与臭氧机的出气浓度有关，也与水中还原性物质的多少有关。臭氧检测仪就应该在蛋白质分离器出水口的位置取样。

　　六、我们知道，臭氧分解后的唯一产物就是氧气。在COD和BOD都比较低的时候，水中臭氧的残留需要一定的时间才可以分解完毕。臭氧分解后氧气同样可以增加水中的溶解度。

　　七、十分重要的一点：空气源的臭氧发生器在一些劣质的电路的激发下，会将空气中的氮气与氧气结合形成二氧化氮气体。而二氧化氮与水接触后会形成硝酸盐和亚硝酸盐。亚硝酸盐对于循环水养殖工程来讲，是一种致命的物质。因些建议与蛋白质分离器配套的臭氧发生器应采用一体化臭氧发生器。这样可以在第一时间将氮气排除，有效地防止水中亚硝酸盐的污染。