鸡传染性脑脊髓炎对初生雏和中雏，根据发病特点、临床表现可做出初步诊断。但在初发病鸡场为了最后确诊，应采取脑、肌胃、血清等病料，送兽医检验部门做病理组织学检查、分离病毒或做琼脂扩散试验。诊断中应注意与新城疫、马立克氏病、维生素B。缺乏症、维生素E缺乏症等鉴别。
新城疫时，各种年龄的鸡都可感染发病，除可出现神经症状和两腿麻痹外，病鸡呼吸困难、排白色或绿色稀便，消化道和其他内脏器官病变明显。对鸡群实施新城疫血凝抑制试验时，即可鉴别。马立克氏病多发于3月龄以上的育成鸡，两腿麻痹呈劈又姿势。
剖检时在各实质脏器和卵巢上见有肿瘤，或坐骨神经变粗，似用开水烫过一样，灰白色，横纹不清。取病鸡羽髓做马立克氏病琼脂扩散试验时呈现阳性，即可鉴别。维生素B。缺乏症时，病鸡两腿瘫软。特征是趾爪向内蜷曲，两脚不能走路，强迫行走时，病鸡只能用跗关节和翅膀走动。腿部肌肉萎缩并松弛，皮肤干而粗糙。补充维生素B2后，症状很快消失。维生素E缺乏症多发于15～30日龄的幼鸡。主要呈现共济失调，头向后方或下方弯曲，有时向一侧扭曲，两腿呈有节律性的痉挛(交替发生急速收缩和松弛)，但翅膀或腿不见完全麻痹。剖检时可见小脑出血、液化坏死，脑膜出血、水肿，小脑表面也可见有小出血点。
