当前，强制免疫过程中存在部分疫苗质量不高、养殖散户免疫积极性不高、疫苗浪费等问题。对此，参加2016年全国农牧渔业大县局长轮训第6期培训班畜牧大县兽医局长班的部分兽医局长谈了各自的看法。
四川省广元市朝天区农业局局长张久全表示，畜牧业发展中动物防疫问题应放在首要位置。他建议，首先是适当下放疫苗采购层级。其次是补充疫苗采购目录，拓宽疫苗选择范围。再其次是增强政府和兽医部门的合作，共同提升防疫效果。
目前，针对部分养殖场(户)对政府采购免疫疫苗存在信任感不强的问题，河南省辉县市农牧局副局长琚海林提出：“应该明确养殖场(户)自主防疫主体责任，通过奖罚结合的方法督促养殖场(户)自主进行防疫，提升其自主防疫意识。”
对于如何优化动物疫病强制免疫疫苗采购途径，山东省烟台市牟平区采取了分类选择的办法。“牟平区的疫苗采购及使用主要分两种情况。”该区畜牧兽医局局长王立军介绍，当地有一家养鸡的上市公司，其免疫疫苗自行采购，公司每年年底统计数据，次年年初把数据上报到省(市)，然后省(市)对该公司进行补贴，这是第一种情况。第二种情况是针对其他养殖公司、养殖场(户)的，他们的疫苗实行统一采购，然后由官方兽医进行强制免疫。两种方式并施，收到了较好的效果。
新疆生产建设兵团第三师动物卫生监督所所长刘红阳则建议制订免疫副反应导致畜禽死亡的补助标准。他介绍，第三师位于新疆喀什，经济不发达，畜禽对养殖户有维持生计的特殊意义。因此，他们需要相应的补助，保障基本收益。
