由于连年使用化肥，导致土壤严重板结，使化肥利用率越来越低，作物品质和产量很难提高。近几年生物菌肥逐渐在各地崭露头角。对于很多农民来说生物菌肥还是一个新事物，如何才能正确购买和使用它，必须注意以下几点：
选购生物菌肥时，要注意其是否过了产品有效期，一般超过生产日期1年的生物菌肥活性会显著降低。再看有无农业部登记证，正规的厂家生产的产品都应该在农业部登记，省农业厅不批准生物菌肥登记。印有***省农肥登记的生物菌肥都是假冒产品。严防普通有机肥冒充生物菌肥。另外，还要看包装袋上标明的活性菌数是否符合国家规定（国家规定生物菌剂有效活菌数≥2亿/克,颗粒状的≥1亿/克。复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克）。不合格的生物菌肥绝不购买。
生物菌肥可以单独使用。但最好是与经过充分腐熟的有机肥混合使用，其效果要远好于单独施用有机肥或生物菌肥。生物菌肥不宜与化肥直接混合使用，高浓度的化学物质对生物菌肥里的微生物有毒害作用，尤其要注意不应将菌肥与含硫的化肥及草灰混合用，因为这样的肥料更容易杀死菌肥里的有益菌。
在对温室大棚里的土壤或蔬菜育苗用营养土消毒后，至少要经过10-15天，才可以施用生物菌肥，切记不可施用生物菌肥后再实行土壤消毒。不应同时施用菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂。一般在施菌肥48小时后再用杀菌剂，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。
生物菌肥的使用效果和土壤状况有关。土壤太旱或太湿都不利于生物菌肥繁殖，适宜的土壤湿度为60%左右。
生物菌肥对阳光中的紫外线十分敏感。存放或使用时尽量避免强光直接照射，因此生产上一般不采用地表撒施，可以在阴天或清晨、傍晚与土壤中施用。喷雾时只要在植物的叶片背面均匀喷布即可。
生物菌肥施入土壤后有一个菌群繁殖，壮大的过程。因此，要先于作物肥期10-15天施用，此后生物菌肥可以长期、均匀、持续地供给作物养分。
