近几年，越来越多的菜农开始使用微生物菌肥。但对生物菌肥的认知和施用上有些误区，把生物菌肥当做了普通肥料，不分种类、不分用途施用，影响了施用效果。在此，建议菜农根据不同用途，选择合适的菌肥品种，才能起到更好的效果。
菌肥效果是由其中的生物菌种类决定的。那么，我们常用的菌肥中通常都含有哪些有益微生物，它们都有什么作用呢？
在菌肥中，应用最广泛的是细菌，细菌中的芽孢杆菌是菌肥中重要的组成部分，芽孢杆菌中常用于做菌肥生产的有巨大芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌和胶质芽孢杆菌等。巨大芽孢杆菌可以用来生产解磷固钾肥，具有很好的降解土壤中有机磷的功效；枯草芽孢杆菌主要应用来发酵腐熟各类有机肥（粪肥）；胶质芽胞杆菌又叫硅酸盐细菌，能分解硅谷酸盐和铝硅酸盐组成的含钾矿物，具有溶磷、释钾和固氮功能。菌体能通过自身代谢，产生有机酸、激素等多种有利于植物吸收和利用的物质，同时也抑制其他病原菌的生长。
另外，菌肥生产常用的菌种还有放线菌、酵母菌以及固氮菌等，放线菌能够合成杀灭有害细菌的抗生素，自身分泌物能够促进蔬菜根系生长；酵母菌可用于有机肥发酵；固氮菌能够固定空气中的氮素，提高土壤的营养水平，减少化肥用量。
我们使用菌肥的用途不一样，所选择的生物菌种类也不一样，有的用来腐熟有机肥，避免烧根，如激抗菌968肥力高；有的能够产生抗生素，抑制根际周围有害菌，避免根部病害侵染，同时增强根系功能等等，如大源落地生根等。我们应该根据生物菌肥的种类，合理选择生物菌肥。
很多菜农把菌肥当做常规肥料施用是不正确的，它是一种辅助性肥料，因为它本身并不含有植物需要的营养元素，而是通过微生物的生命活动，加速养分的转化，促进作物对养分的吸收，抑制有害菌的活动。因此，菌肥一定要与有机肥配合使用，才能充分发挥它的增产效能。
