个旧市加强水产品质量安全管理，坚持以农业科技示范园建设为依托，积极组织开展渔业标准化无公害水产养殖生产，推进水产品向健康、安全方向发展。目前鸡街镇、大屯镇、贾沙乡等部分山区水库、坝塘、池塘水产养殖、以及红河流域水产养殖基地获得无公害产地认定，总面积12000亩。
近年来，市农业局根据渔业生产的实际情况，组织人员制订了“个旧市草鱼、鲢鳙鱼、鲤鱼、鲫鱼、罗非鱼无公害水产养殖技术规程”等5个渔业地方标准并实施。同时通过培训、指导、检查、服务，积极推进无公害水产品生产基地建设，无公害养殖基地建设涵盖对草鱼、鲢鱼、鳙鱼、鲤鱼、鲫鱼、罗非鱼等养殖品种。严格执行水产品产地环境标准，建立水产品主产区环境监测制度和水产品定期送样品检测制度，确保产地水质环境符合安全卫生要求。定期对主要养殖基地水域的水质进行监测，并加强对渔药、饲料和饲料添加剂等渔业投入品抽样检查工作。2014—2015年两年，由云南省农业厅组织相关部门对重点水产养殖地区鲤鱼和鲫鱼两个品种进行药物残留检测，共有10个样品。检测结果未发现有药物残留超标。
