鲻鱼苗种的运输方式与其它鱼类苗种运输方式基本相同，共有两种：一种是短距离运输，一般采用帆布桶、塑料桶、装鱼桶或薄膜袋进行稀装，也有的采用充氧泵或氧气瓶充氧密装。另一种是远距离运输，一般采用薄膜袋充气运输或采用活鱼运输车和船运输。第一种运输方式简便，快捷易行。第二种方式运量大，成活率高，比较常用。
在鲻鱼苗种起运前要对起运的苗种进行严格筛选，要选择体质健壮，游泳活泼，规格整齐，大小适宜的苗种，并剔除畸形，损伤严重，有病和寄生虫的苗种以及野杂鱼。
装苗一般采用圆桶状农用塑料薄膜，薄膜的阁长在2m～3m，厚度10丝左右，截取的高度可根据车船的大小而定，先将其一端扎紧，每袋装1／3的水，按计算好的装鱼量，将鱼苗轻轻装入袋中，然后将薄膜袋压瘪，排尽其中的空气，缓慢充足氧气，迅速地将袋口扎紧。
在运输途中，管理人员要经常注意观察鱼苗的动态和活动情况，短距离运输鱼苗在观察时，当发现鱼苗分层分布，则表示鱼苗生活正常，观察时当发现鱼苗集中在表层分布，甚至大口小口地吸取空气，说明氧气不足，往往会出现浮头，应及时采取换水，加大充氧量或振动装鱼桶等措施去补救。长距离运输鱼苗，如发现薄膜袋内鱼苗的排泄物过多时，要及时采取换水充氧措施，换水时一定要注意所换水的水温与装苗袋内的水温基本一致，换水量一般为l／2或l／3。
鲻鱼苗种运输到目的地后，首先要测量养殖池的水温与运苗袋水温是否基本一致，如果相差较大，要及时调整养殖池水温与装苗袋水温基本一致，方法是：使用桶装短距离运输苗种，可采集养殖池水，将装苗桶加满，10分钟后再连鱼带水缓慢放入养殖池。如果使用塑料薄膜袋远距离运输苗种，可将整袋鱼苗种放入养殖池内，l 0分钟后注入加倍的养殖池水，再连鱼带水缓慢倒入养鱼池内。
