首先要看某种药物对某种疾病的治疗效果。一般以给药后死亡率的降低情况作为确定疗效的主要依据，另外，还必须从摄食率、增重率、饲料效率等方面与对照组进行比较，并以病理组织学证明治愈效果为依据。
在选择药物时，既要注意其疗效，又要注意其不良反应。虽然有的药物非常有效，但因其对养殖动物毒副作用较大或对人具有潜在的危害而不得不被禁止使用。
医药和兽药大都是直接个体用药，而渔药除少数情况下使用注射法和涂擦法外，大部分情况下是间接地群体用药，投喂药饵或将药物投放到养殖水体中进行药浴。因此，操作方便和容易掌握用法用量是选择渔药的要求之一。
从两方面考虑：
1、临床用药经济分析要分析用药后，养殖动物能否治愈；治愈后，养殖动物生长的快慢、产品品质、销售价格等，确定用药的经济性。能够不用药最好不用药。
2、选择廉价易得的药物水产养殖具有广泛、分散、大面积的特点，总体药量较大，尤其是药浴法用药，应在保证疗效和安全性的原则下选择廉价易得的药物。
