芝麻出苗后3～5天，长出第一对对生的真叶时（农民称为“十字架”）进行第一次间苗。当芝麻出现第二、第三对真叶时，进行第二次间苗，这时要去弱苗留强苗，并初步定苗。为了预防间苗定苗过程中发生病虫害和机械损伤，分3次间苗和定苗为宜，即是一疏、二间、三定苗。方法是：稀留密，密留稀，不稀不密留壮苗。要做到留匀、留稠，不留双株苗。
农谚道：“芝麻花头三抓”。芝麻出现第一、第二对真叶时，进行第一次中耕，但以锄表土为宜为第一抓；出现了第三对真叶时，进行第二次中耕，这次可以深耕3～6厘米为第二抓；当出现了第四至第五对真叶时进行第三次中耕培土，这时的中耕深度可以达8厘米左右为第三抓。第二、第三次中耕培土可起到除草封根的作用，有利于根系的生长、防止渍害、减轻病害的发生，同时还有利于抑制杂草的生长和防止倒伏。
芝麻对水分的需求反应极为敏感，不能长时间的干旱又不能渍水。芝麻苗期的需水量较小，如果播种时的墒情好，即能满足植株对水分的要求，可不浇水。但是进入开花结蒴期对水分的要求十分敏感，此时既怕渍水，又怕干旱，一定要注意遇旱及时浇水，遇涝及时排水。到封顶期需水量逐渐减少，如果在开花结蒴期的湿度保持较好，那么这时一般不需要进行浇灌。
在芝麻的初花期到盛花期需肥量较大，为防止此时的缺肥现象，在初花期前追施速效氮肥最为适宜。在现蕾开花期，芝麻对磷、钾元素的需求量明显增加，但此时应采用喷施追肥较为适宜，用0.25公斤的磷酸二氢钾对水100公斤进行喷雾，以后每3～5天喷1次，连续喷3～5次。
芝麻的病害主要有茎点枯病、青枯病、枯萎病、立枯病、真菌性角斑病等。防治方法：①排涝防渍；②合理轮作倒茬；③选用抗病性品种；④化学防治，如用50%的托布津2000倍液或1∶1∶300的波尔多液喷根处理等方法。害虫有地老虎、蚜虫、芝麻天蛾、盲椿象、蝼蛄等，每亩用80%的敌敌畏乳剂100毫升对水75公斤喷雾防治。
芝麻终花期后15～25天即可成熟。其特征是茎叶及果实由青色变为黄色，而且落叶达到70%～80%，同时还有少量的蒴出现裂果现象，此时即可收获。收获后进行日晒、脱粒、加工，最后进入贮藏。
