盘锦有自然湿地21.65万公顷，保护区内及周边农民在保护湿地的过程中承受着损失：主要是耕种时不能使用农药和化肥造成农田减产、禁用除草剂增加了人工拔草费用、鸟类取食也造成了农田和湿地养殖业损失。
2014年，国家将辽河口国家级保护区列为首批试点湿地，安排资金共4000万元，开展湿地生态效益补偿。生态效益补偿资金主要用于农民损失补偿、湿地生态修复以及湿地生态补水和湿地周边环境整治等。保护区及周边1公里范围内77011亩符合补偿标准的耕地获得了补贴。到2015年10月，各项生态保护任务全面完成。
2015年，辽河口湿地再一次被列为国家湿地生态效益补偿试点，获得湿地生态效益补偿和退耕还湿资金共计3500万元。此次生态补偿工作，将在今年内完成。
湿地生态效益补偿项目的实施，使湿地周边群众享受到因保护湿地得到的益处，最大限度地减少人为因素对生态系统的破坏，有效破解了湿地保护和农民利益之间的矛盾。
同时，湿地生态效益补偿还实施了一系列生态修复工程，有效地保护了珍稀动植物资源，维护自然生态系统的完整性、稳定性和连续性。保护区“五千七”小区是盘锦野生丹顶鹤的一个重要繁殖地，同时也是野生丹顶鹤主要越冬地。为此，保护区利用湿地保护补助资金320万元对这一区域进行了水系疏浚清淤、修建控水闸门和生态隔离沟、生态补水以及管护房建设。在不足466公顷的范围内有3对丹顶鹤在此繁殖，还有野鸭、鹭鸟等24种数以万只候鸟在此筑巢。
