《方案》要求，2017年底前，广西将全面完成县（市、区）禁养区的地理标注和发布工作，并依法推进分区管理，制定禁养区内畜禽养殖场的拆迁计划，落实养殖场关停拆迁补助，确保2018年底前禁养区内的所有养殖场全部关闭或拆除。
《方案》要求，畜禽规模养殖场（小区）要按照国家总量减排有关要求，根据环境承载能力和土地消纳能力，建设完善畜禽养殖场（小区）雨污分流、粪污收集系统和废弃物贮存设施，鼓励采取单独清除粪便的“干清粪”工艺和固液分离工艺。其中，对周边消纳土地充足的畜禽养殖场（小区），鼓励采取“种养结合、生态还田”模式；对周边消纳土地不足的畜禽规模养殖场（小区），鼓励采取粪污加工制肥或深度处理工艺，达到国家相关标准后再行还田利用或达标排放。
按照《方案》，2016—2017年，广西获得生猪养殖大县奖励以及位于西江水系“一干七支”沿岸的各县，将选择养殖密度高、养殖污染问题突出的区域先行试点；2018—2019年，广西将全面完成各地禁养区养殖场的关闭或拆迁，清洁养殖模式在全区各地广泛应用。到“十三五”末期，畜禽规模养殖场和养殖小区将基本实行清洁养殖模式，畜禽养殖废弃物基本实现综合利用或委托处理，生态种养模式广泛应用，实现化肥零增长的县达到40%，各畜禽规模养殖配套的病死畜禽综合处理设施均建成。
