选留亲鳄鱼龟，除要求达到性成熟年龄外，还要体型肥大，体质健壮，无病、伤、残。
1．眼观亲鳄鱼龟要求体重4千克以上，后备亲鳄鱼龟要求个体重量在3.5千克以上。在适龄范围内，鳄鱼龟体愈大，怀卵量愈大，产卵数愈多。在我国均选择体重4-6千克的鳄鱼龟作亲鳄鱼龟。鳄鱼龟外形完整，无畸形，无伤残。
2．手提用手抓住鳄鱼龟的尾巴，鳄鱼龟若神态活泼生猛，四肢划动有力，喉颈活动自如，并往后伸弯总想咬你的手，将其放在地上，能迅速爬动逃遁为体质强者；反之，神态迟钝、呆板、行动缓慢者为体质弱的龟。
3．翻倒把鳄鱼龟翻倒背向地腹朝天，看其能否迅速翻转，能立即翻转的是好鳄鱼龟，反之，翻身很慢或翻不过身来的是病鳄鱼龟。
稚鳄鱼龟体质强弱可根据个体形态，体质肥瘦以及活动力来鉴别，主要用眼观法。
体质强者：个体肥壮，背腹较厚，体色鲜亮有光泽，无伤残。若将其腹面向上，背朝下放置在地上，头能顶着地面迅速翻转爬动，反应灵敏。
体质弱者：个体消瘦、背腹间很薄，体色暗淡无光，皮肤多皱，体表有充血或伤痕，若将其腹面向上，背朝下放置于地面，不能翻身或行动缓慢，反应迟钝。
刚孵出的稚鳄鱼龟，体重在9克以上的，为优质稚鳄鱼龟，且愈重愈好，体重在7.5克左右的稚鳄鱼龟勉强可以用，体重不足7克的，因其先天营养不足，体质较差，成活率低。
主要根据鳄鱼龟的体色、体型以及活动状况来鉴别，方法与亲鳄鱼龟质量的鉴别方法相似。
鳄鱼龟的背甲，要求颜色鲜亮，具有光泽，以青绿、茶褐色为佳，人工养殖的鳄鱼龟体色也有淡黑色的，腹甲和四肢基部色泽呈黄色的为上等品，带赤色的为中等品，色泽呈黄色的为下等品。鳄鱼龟反应敏捷，行动迅速者为强壮个体；反之，行动缓慢，反应迟钝者为体弱个体。鳄鱼龟外观浮肿，用手轻压腹板，腹部皮肤向外涨出的，是注水鳄鱼龟或病鳄鱼龟，时间不长就会死亡，这样的鳄鱼龟均属劣质品。
