渔药品种很多，成份有几大类，作用相似的药物可能会产生不同的疗效。为使病鱼尽快好转和恢复健康，减少生产上和经济上的损失，在用药时应选择疗效最好的药物，例如对鱼的细菌性皮肤病，用抗菌素、磺胺类药、含氯消毒剂等都有疗效，但应首选含氯消毒剂，可同时直接杀灭鱼体表和养殖水体中的细菌，且杀菌快、效果好。如果是细菌性肠炎，则应选择喹诺酮类药或中草药制剂，制成药物饵料进行投喂，也可据病情在投喂药饵时选择适宜的消毒剂进行泼洒。如果同时防治细菌性、病毒性疾病，可内服抗病毒、抗菌药物及一些中草药制剂。但是有些疾病，如鱼缺氧浮头、营养缺乏症和一些环境应激病等疾病可少用或不用药，通过调节水质和饲料投喂便可以缓解。

“是药三分毒”，有的药物疗效虽然很好，只因毒性太大在选药时不得不放弃，而改用疗效居次、毒副作用较小的药物，如治疗草鱼细菌性肠炎病，选用抗菌内服药，而不选用消毒内服药就是这个道理。水产生产中应禁止使用国家规定禁用的药物和饲料添加剂，如因药物而致的对水产动物本身的毒性损害，对水域环境的污染，尤其是那些能在水生动物体内引起“富集作用”的药物，如含汞的消毒剂和杀虫剂，含丙体六六六的杀虫剂（林丹）坚决不用；对确认有致癌作用的药物，如孔雀石绿等，应坚决禁止使用；对人体健康有影响的药物，在鱼类等水产动物被食用前应有一个停药期，并要尽量控制使用药物。

近几年，养殖户在病害防治过程中常会出现这样的困惑：同一种病害使用同一种药，为什么这一次和上一次的效果却大不相同？究其原因在于水体中如长期使用同一种和同一类药防病治病，就会使各种致病菌和寄生虫产生抗药性，从而降低用药效果。因此最好做到各种有效药物轮换使用或混合使用。但要注意混合使用的药物应无化学反应。如酸性药物和碱性药物不能混合使用。

价钱贵的渔药不一定疗效好。许多渔药，其有效成份大同小异，或者药效相当，但相互间价格相差很远，对此，要注意选用渔药时，应多作比较，尽量选用成本低、对症的渔药。

施药方法多种，由于给鱼用药极不方便，可根据养殖品种以及水域情况，确定到底是使用泼洒法、口服法、涂抹法、注射法，还是浸泡法给药，应选择疗效好、安全性高、使用方便的渔药。当然，有时内服和外用药物兼用才能收到效果。