抗虫棉花、玉米可有效减少害虫危害，提高作物产量，1996-2014年间，抗虫玉米、棉花平均产量较传统玉米、棉花产量分别提高13.1%和17.3%。2014年南美抗虫大豆商业化种植后，由于产量的提高，农民平均收入提高了9.4%。

此外，转基因作物还可以通过提高其对除草剂的耐受性提高作物产量，比如在阿根廷种植对除草剂耐受性较高的作物，可提高小麦-大豆轮作体系下作物产量。

转基因作物能够提高作物产量主要原因是能够更加有效的控制害虫和杂草。2014年农场平均收入增加101美元/公顷，净经济效益为177亿美元。种植转基因植物19年来，全球农业收入总计为1503亿美元。其中，发展中国家和发达国家分别占据51%和49%的份额。

发展中国家农民种植转基因作物的产量收益最高，其中又以资源贫乏和农场小块土地收益率涨幅最高。

转基因作物的种植可提高作物产量，进而增加农民收入。故种植转基因作物对数以万计的农民而言是一个不错的选择。从全球范围来看，农民花费1美元可获得3.59美元的收益，用于购买转基因作物种子的成本占据总收益的28%。

购买种植转基因作物在发展中国家和发达国家的收益有所不同，对于发展中国家而言，农民投资1美元购买转基因作物种子可获得4.42美元的收益，成本占技术收益的23%；发达国家农民花费1美元购买转基因作物种子则可获得3.14美元的收益，成本占技术收益的32%。可见，发展中国家与发达国家相比，获得的技术收益更多，可能原因是发展中国家农民知识产权意识较发达国家薄弱。

转基因作物的出现使得农民不再需要单纯通过增加种植面积获得更高产量。1996 -2014年间，转基因作物的种植使得全球玉米、大豆产量分别增加1.584亿吨、3.218亿，棉花、油菜产量分别增加2470万吨、920万吨。若不种植转基因作物，维持相同产量，则需额外种植890万公顷的玉米、750万公顷大豆、370万公顷棉花和60万公顷的油菜。这些额外种植面积占美国可耕地面积的12%，巴西可耕地面积的33%，中国可耕地面积的14%。

转基因作物的种植不仅可以提高作物产量，有效增加农民收入还可以显著减少农业温室气体排放量。2014年由于转基因作物的种植，减少224亿公斤的二氧化碳排放量，相当于1000万辆汽车一年碳排放量。

同时，种植转基因作物还能够减少除草剂和杀虫剂的使用，1996 -2014年间，由于转基因作物的种植，农药用量减少了5.81亿公斤，减少用量超过中国一年作物农药使用量总和。种植转基因作物的区域，由于除草剂和杀虫剂用量减少，对环境的影响降低18.5%。