日本有机生态农业最显著的特征是，首先，以追求超高品质为目标，合理负载，限制高产，减少土壤产出。其次，大力发展堆肥，广开肥源。以日本果园为例，一些果农发展起了畜牧业，保证果园有足量的有机肥。日本几乎所有的果园都采用生草技术，不少果园还利用生物菌群，将生产蘑菇的下脚料和锯末进行处理沤制，形成有机肥施入果园，效果非常好。
众所周知，有机质含量是土壤肥力的重要指标，有机质是土壤养分的主要来源，可促进土壤结构形成，改善土壤物理性质，提高土壤的保肥能力和缓冲性能，同时有机质中的腐殖质具有生理活性，能促进作物生长发育；有机质中的腐殖质还具有络合作用，有助于消除土壤的污染。
在日本，果园有机质含量大多达到了6.8%。有人可能对这个数字没有概念，举个例子，假如一个果园目前的有机质含量是1.0%（事实上，目前中国许多果园的有机质含量就只有这么高），通过连年合理负载，每年足量施入有机肥，连年进行果园生草，并将产的草和果树落叶还田，这样的话，每年这个果园的有机质含量可以增加0.1%，而要达到6.8%，则需要50多年。
此外，与欧美等国家相比，日本有机农业经营以小规模农场和农户占多数，有机农业主要以农作物栽培为主，有机畜牧业发展相对比较薄弱。在实行有机栽培的作物中，有机稻米占50%，有机蔬菜占35%等。除有机农产品外，日本还有各类特别栽培的农产品，如无农药、减化肥栽培的农产品，减农药、无化肥栽培的农产品，减农药、减化肥栽培的农产品等等。其栽培面积是有机农产品栽培面积的3~4倍。日本有机农业比较注重精耕细作，强调有机农业的功能和提高农产品的自给率，提倡减农药、减化肥的生产方式。
