根据防城港市环境容量和优化水产畜禽养殖结构、布局及规模的要求，修编了《防城港市养殖水域滩涂规划（2016-2025年），制定上报了《防城港市畜禽养殖禁养区和限养区划定方案》等，积极探索现代生态养殖发展新路子，科学划定禁养区、限养区和适养区，大力推进生态化、规模化和科学化养殖，确保养殖业发展规模与环境承载能力相适应，促进全市水产畜牧业持续稳定健康发展。

对新建、改建、扩建规模养殖场严格执行环境影响评价制度，从养殖场的选址、规划布局、圈舍建设、池塘改造、饲养、消毒、用药、防疫、诊疗、废物污水处理等方面强化监督和指导工作，并按照“苗种良种化、养殖设施化、生产规范化、防疫制定化”的要求，积极开展标准化规模养殖场示范创建活动，不断从源头上加强养殖污染物的排放控制。“十二五”时期，共有75个畜禽规模养殖场通过了环保部专家组的考核验收，超额完成了减排目标任务。目前，全市有33个生猪规模养殖场实施了生猪标准化规模养殖场（小区）项目建设,有18个养殖场被评为自治区级以上畜禽养殖标准化示范场或水产健康养殖示范场称号。

根据自治区质量技术监督局关于制定广西地方标准相关要求，组织了制定了《规模养猪场粪污综合防治技术规程》、《猪瘟、口蹄疫和猪蓝耳病免疫接种技术规程》。目前，该规程已通过了自治区专家的审定，已上报自治区批准发布。通过制定这些技术规范及地方标准，为防城港市养猪场污染物治理的达标排放提供有力技术支持。同时，围绕粪污治理关键技术组织技术人员进行攻关，并取得明显成效，其中《养猪场污水处理装置》和《一种改制自动投药装置》两项实用新型专利于2015年获得国家知识产权局授权。目前，这两项专利正在推广使用中。

渔业方面，积极引导养殖户建设养殖用水预处理和废水净化处理设施，大力推广应用循环水养殖、鱼藻共生、鱼虾贝共生养殖等生态养殖模式。目前，防城港市海水网箱养殖全部是投饵网箱，95%的池塘养殖均是在水域滩涂规划范围内进行，池塘养殖普遍采用了生态养殖技术，使用茶麸、石灰等实施清塘消毒，采用微生物活菌类制品处理养殖用水，有效地减少了养殖废水对周围海域、水域环境的影响。
畜牧方面，主要推广 “微生物+”生态养殖模式，较成熟的生猪生态养殖有：微生物+全封闭高架网床模式、微生物+半封闭高架网床模式、微生物+低架网床模式、微生物+平地干清粪模式等。肉牛肉羊的生态养殖模式，重点是推广微生物+饲草料、种养结合循环经济等模式。

在渔港污染治理工作方面，按照政府牵头、属地管理、行业管理、协调合作的原则，专项部署开展渔港环境污染等相关排查治理工作。成立专门的领导机构统一协调各部门大力开展渔港污染治理工作。根据日常巡查工作反馈，目前渔民遵守防油污工作秩序良好，在重点监控渔民维修、保养渔船产生的渔用废油污染等方面，没有发现港池水域内存在油污水排放和一定范围内油渍的漂浮情况。近期，港内生活垃圾污染大大减少。