《方案》指出，以县级行政区域用水总量控制指标为基础，区域与流域相结合，明晰农业初始水权。农业初始水权与土地承包权相匹配，确权到水源、到工程、到地块、到协会或用户，权证期限与土地延包期相一致。实行取水许可动态管理，河西灌溉农业区、地下水超采区农业用水指标只减不增，初始水权确权到用户。中部提水灌区初始水权确权到农民用水合作组织。东南部补充灌溉区确权到村集体。
《方案》鼓励水权流转。以流域为界，建立水权交易市场，自由竞价，有序交易。交易余量，政府授权地方水行政主管部门或水管单位回购，年度清零。水权确定后新增的用户从水市场购买水权，用水权流转提升用水效率和效益。在满足区域内农业用水的前提下，推行节水量按市场价跨区域、跨行业转让。
《方案》指出，大中型灌区按照灌溉轮次，全面实行先买水后供水的办法。地表水实行年初预安排，按月调度，轮次控制，年末决算。地下水一井一表一卡一台账。井河混灌区地表水优先，地下水补充。
