在明确用8年时间实现改革目标的同时，《实施意见》还提出，高效节水项目建设区、大型灌区和有条件的中型灌区、国家现代农业建设示范区等重点地区要加快改革步伐，力争通过3—5年的努力，建立健全合理反映供水成本、有利于节水和农田水利改革创新、与投融资体制相适应的农业水价形成机制，率先实现改革目标。
在筑牢水价改革基础方面，《实施意见》从完善供水计量设施、建立农业水权制度、创新终端用水管理方式、加快高原特色农业转型升级4个方面提出了具体方向。在建立农业水权制度方面，《实施意见》提出，要全面落实最严格水资源管理制度，逐步建立农业灌溉用水总量控制和定额管理制度。
具体说来，各地要以县级行政区域用水总量控制指标为基础，科学确定灌溉用水定额，逐步把指标细化分解到乡镇（街道）、农村集体经济组织、农民用水合作组织、农户等用水主体，落实到具体水源，进一步明确水权，实行总量控制。有条件的地区要将水权分配到户、明晰到亩，并登记颁证。要抓紧建立健全水市场交易平台，积极开展水权交易，鼓励用水主体转让节水量，政府或其授权的水行政主管部门、灌区管理单位可予以回购。在满足区域内农业用水的前提下，推行节水量跨区域、跨行业转让交易。
在建立健全水价形成机制方面，《实施意见》明确，实行农业水价分级管理，加强农业终端水价成本监审，推行超定额（计划）累进加价制度。其中，超定额（计划）用水10%（含）以内的部分加价20%；10%—30%（含）以内的部分加价50%；30%—50%（含）的部分加价100%；50%以上部分加价200%。对超限额用于农业生产的地下水，按照不低于每立方米0.5元的标准征收水资源费，具体标准由各地自行确定。
此外，《实施意见》还明确建立精准补贴和节水奖励机制，根据节水量对采取节水措施、调整种植结构节水的规模经营主体、农民用水合作组织和农户给予奖励，提高用水主体主动节水的意识和积极性。
