小棚养殖中有益藻相以硅藻、绿藻为主，但是养殖中要培养出纯粹的有益藻种比较困难。一般小棚养殖水体中都伴随着甲藻、隐藻、裸藻等有害鞭毛藻类共同存在。因此对于藻相调控是一个很大的难题，小棚养殖水温高、密度大、养殖空间小，带来水质的直接性问题就是：养殖水体有机悬浮物多，而这些有机悬浮物正是鞭毛藻类所不可获缺的营养。
藻类的生长是根据自身所需营养变化来调控的，所以我们首先要了解各种藻类所需要的营养，然后在适当加以调整，就可以调控出小棚水质中藻相生长的方向。
所需营养养殖中我们经常听到的一句话：“养虾先养水，养水先养底”。 “养水先养底”，意思就是：要想让水质好，就必须养好底。那么这个底又是什么？
底主要是指底质污染源，底质好，水体悬浮物少，水质靓爽，这就是所谓的水好。其实还有另一层意思，就是底质营养库。塘底营养库丰富，藻类生长好，水质靓爽。小棚中藻类生长所需要的营养来源，一部分从套水和人工施肥中，获取氮、磷等营养物质。另一部分是从塘底饲料残饵以及藻相更替产生的有机质，在菌群的参与分解下，供藻类吸收其营养物质。“养水先养底”中的养底，就是指底质污染少、塘底营养库丰富。所以底质营养库，关系着水体藻相的方向。
各种藻类生长所需要的营养：
（1）绿藻生长营养，氮磷比，磷偏多于氮
小棚养殖用淡水，都是从生活用水的河道中加入的，河道中夹杂着生活污水，生活用水含磷量高。这样小棚直进河水，就很容易培养出绿藻水体。这就解开了一个难题，“小棚直接套河水，为什么水越套越肥越绿？”就是因为河水中氮磷比，偏磷，所以刚好适合绿藻的生长营养，水越套越绿！
（2）硅藻生长营养，氮磷比，氮偏多于磷
小棚养殖用地下井水，部分井水氨态氮含量偏高，小棚进水放苗，都是以不停的加注地下井水为主。养过小棚的养殖户就会观察到一个常见的现象，放苗前期水都是偏淡黄色和茶褐色，拿到显微镜下检查水体以硅藻为主。
这时候，可能有些养殖户不明白，为什么养到中期有些棚水会变成油绿油绿的水，大量套井水，水反而越来越绿了？其实这还有个因素就是，养到中期因为大量投饵料带来的营养补充，造成塘底的营养发生了氮磷比的倾斜，水体总营养转变成偏磷，绿藻开始慢慢出现。又因硅藻生命周期短，且生长密度也没有绿藻大，所以硅藻竞争不过绿藻，水体绿藻大量生长。这个时候即使不停的的套井水中的氮肥也无济于事，因为绿藻成为了优势种群，加氮肥已经无法改变当前绿藻生长趋势。养殖户朋友要明白一个道理，绿藻喜偏磷肥，但是它不是不吸收氮肥！
所以大家了解硅藻的生长形态后，千万不要犯这种错：“以绿藻为主的水体，只要加氮肥就可以改变绿藻生长趋势。”从竞争力来讲，硅藻即使在肥效充足的时候，只要稍微有适合绿藻生长的肥效，绿藻就能迅速生长。硅藻因其自身生长周期短，压其它藻相力度弱等问题，最终还是会演变成绿藻水体。所以就会经常看到一个现象就是：小棚水绿油油的，还不停的泼氨基酸来改变肥度配比，结果就是水越肥越绿。
针对于小棚水体硅藻如何压制绿藻，小编有个方法，在绿藻为主的水体，水体过肥过绿，想转变成硅藻水。首先，套水、消毒或打芽孢杆菌把长势旺盛的绿藻压制掉一大部分，根据感觉绿藻老化或往下走的趋势，并且有少量硅藻出现。这个时候就可以打“腐殖酸钠”，目的就是进一步压制绿藻，利用腐殖酸钠的遮光作用。水体变暗后，绿藻生长减缓，硅藻开始大量生长。硅藻占到一定优势后，也不是最稳定时期。后续还要定期少量多次补充氮肥以及含有硅酸盐的氮肥，供硅藻吸收，以达到主导水体藻相的目的。这就是压制绿藻的方法，大家可以去尝试。
（3）蓝藻易生长于氮磷比失衡的水体中
因小棚养殖的特殊构造--水温高密度大肥效难可控，就很容易生长出蓝藻。蓝藻对小棚养殖的危害是非常大的，可以这么讲：只要小棚里有大型蓝藻出现，对虾就很容易出现肝绿、肝萎缩、肝中毒等一系列养殖病害，继而保苗率低，养殖无产量。其危害不亚于红体、白斑等病毒性病害。所以蓝藻的防控也是至关重要的！
蓝藻生长得肥效，很多养殖户朋友认为，是磷偏多的水体容易长蓝藻。其实对于这个问题，华中农业大学的金辉老师编写的《看水养鱼》一书中，明确的讲述了关于蓝藻容易爆发于氮磷比失衡的水体，有兴趣的养殖户朋友，可以去了解下。对于氮磷比失衡水体容易生长蓝藻，那么我们应该怎么防控蓝藻？
在养殖中定期补肥的时候，少用单一的肥，多使用一些全价肥来培藻。其一，肥效不单一，氮磷比不失衡，蓝藻难以生长。其二，全价肥营养全面，藻种生长全面，可有效的抑制蓝藻的生长。
（4）甲藻、隐藻、裸藻等有害鞭毛藻类
对肥效没有特殊的要求，即可吸收氮肥，又可以吸收磷肥。喜食悬浮有机质和氮肥。
因小棚养殖的特殊够造型，藻类的更替和饲料残饵两大污染力远远超过了藻类的自净能力。小棚水体就变的富营养化，有机质悬浮物因其颗粒大，属于大分子有机质，又不能直接被藻类吸收。而必须在菌群的参与下将其分解成小分子有机质，藻类才能吸收利用。
