1、消除污染物，净化环境
养殖水域底部常常积累大量的残余饵料、排泄废物、动植物残体以及有害气体氨气、硫化氢等，这些物质往往导致水质败坏使水产动物受到毒害。微生态制剂中的微生物具有氧化、氢化、硝化、反硝化、解磷、硫化及固氮等作用，能将上述有害物质分解为二氧化碳、硝酸盐、硫酸盐等，不仅净化了水质，还能为单胞藻的繁殖提供营养物质促进藻类的繁殖。目前比较常用的水质调节剂有光合细菌、硝化细菌、芽抱杆菌等。光合细菌具有独特的光合作用能力，能有效地利用水中过剩的有机物作为自身繁殖的营养源，迅速分解水中氨氮、硫化氢、酸类等有害物质，从而改善水质，增强鱼类的抗病力。
2、促进养殖水生动物的生长，增强机体的抵抗力
微生态制剂中的有益菌具有活性较强的淀粉酶、脂肪酶、蛋白酶等，能极大地提高饲料利用率，促进消化吸收和动物生长发育。作为饲料添加剂的微生态制剂，其菌体含有大量的营养物质，可为水生动物补充营养。其中光合细菌粗蛋白含量高达65%，还含有丰富的B族维生素、泛酸、生物素、叶酸、类胡萝卜素、钙、磷和多种微量元素、辅酶Q等。一些微生物在发酵或代谢过程中产生多种有益物质如氨基酸、维生素、促生长素之类的生理活性物质，促进生长发育。
3、防止有毒物质的积累，保护机体不受毒害
水生动物机体在受到某些应激因素的影响下，机体内肠道中微生态平衡失调，导致体内菌群比例失调，需氧菌增加，并使蛋白质分解产生胺、氨等有害物质，表现为病理状态。有些益生菌如某些乳酸杆菌、链球菌、芽抱杆菌等，可以阻止毒性胺和氨的合成。多数好氧菌产生超氧化物歧化酶（SOD）可帮助动物消除氧自由基。有些微生态制剂中的有益微生物如芽抱杆菌在肠道内可产生氨基氧化酶及分解硫化物的酶类，从而降低血液及粪便中氨、吲哚等有害气体的浓度，改善养殖环境。
4、刺激免疫系统，提高免疫力
微生态制剂是很好的免疫激活剂。水生动物口服益生菌后，调整肠道菌群，使肠道微生态系统处于最佳的平衡状态，活化肠粘膜内的相关淋巴组织，使抗体分泌增强，提高免疫识别能力，并诱导T、B淋巴细胞和巨噬细胞等产生细胞因子，通过淋巴细胞再循环而活化全身免疫系统，从而增强机体的免疫系统。
