日本冲绳县知事仲井真弘多25日前往位于东京的内阁府会晤冲绳北方担当大臣山本一太，就日台渔业协议指出，政府越过当地直接签署协议的做法欠妥，要求中央政府撤回或修改协议。
日本与台湾4月10日在台北市签署了日台渔业协定。根据该协定，日方允许台湾渔船在日本专属经济区(EEZ)作业。该协定遭到了日本冲绳县的强烈抗议，4月10日当天，仲井真弘多就发表声明，称“冲绳县的要求完全没有得到反映，极其令人遗憾”。他认为，该协定会激化冲绳县渔民和台湾渔船的竞争，冲绳县的水产业将不可避免地遭受重大影响。
冲绳县的抗议并非简单了事。冲绳县议会为表示对该协定的抗议，4月18日在县议会上一致通过抗议日台渔业协议的意见书。该意见书指责日台渔业协议“对冲绳渔民的安全作业造成严重打击”，要求加以修改。4月22日，冲绳县议员上原章等人前往东京的日本首相官邸，向官房副长官加藤胜信递交了意见书。
为征求冲绳渔民的意见，日本水产厅长官本川一善4月19日前往冲绳县那霸市与约50名冲绳县渔业有关人士会面并交换了意见。据悉，会谈结果并不乐观，冲绳渔业人士非常愤怒，纷纷要求撤回或修改该协议，但水产厅方面表示“难以修改”。
为进一步推动中央政府认真对待冲绳的抗议，仲井真弘多25日前往东京，分别前往首相官邸、外务省及农林水产省会晤大臣，要求撤回、重审协议。仲井真批评中央政府跳过冲绳县签订协议的做法“无论怎么说都过分”，冲绳不少渔民担心该协议会导致金枪鱼等的捕获量减少或是与台湾渔民发生纠纷。仲井真希望了解允许扩大台湾渔船作业范围的理由，并向政府讨要说法。
冲绳县长年来，因为美军基地问题，与日本中央政府多有摩擦。本次日台渔业协定引发冲绳新一轮抗议，使得日本当局处理冲绳问题变得更加棘手
