现今，口蹄疫疫情的流行呈现非季节性，有多个毒株共同流行。但依然以O型为主，A型散发；而O型，以缅甸98为主，同时伴有新猪毒变异株。
具体来说，中国流行的O型口蹄疫包括：
1、CATHAY型（中国型）：该拓扑型中的疫苗株包括OR/80、OZK/93、OS/99/s及O/GX/09-7；
2、ME-SA型（中东-南亚型），俗称泛亚型；
3、SEA型（东南亚型）：即缅甸98谱系，该拓扑型中的疫苗株包括Mya98/by/2011、O/XJ/10-11。
所以，猪场免疫口蹄疫疫苗，必须免疫的还是缅甸98型的疫苗，这是最重要的。由于A型口蹄疫为散发，目前农业部还没有批准猪用A型口蹄疫疫苗，商品化的仅仅为牛A型口蹄疫疫苗，国家口蹄疫参考实验室提醒：A型口蹄疫流行还不是很多。除了缅甸98，还可以免疫一些新猪毒的疫苗。
对于A型口蹄疫，如果猪场确实要免疫A型口蹄疫疫苗，那么需要注意：现在A型口蹄疫疫苗是没有单苗的。目前都是“O+A”的疫苗。如果你已经免疫了O型疫苗，一定要注意好免疫程序，调整好，再去免疫“O+A”。不能出现前两天刚免疫了一个O型的口蹄疫疫苗，这两天又再免疫一个“O+A”疫苗，这样不但不会提高原来的抗体水平，反而可能会把原来的O型抗体抵销掉。国家口蹄疫参考实验室建议，如果周边压力大的话，可以紧急免疫O+A，但如果周边压力不是很大的话，还是慎重考虑。
当然，发生口蹄疫时，需用使用与流行毒株匹配的病毒型、亚型的灭活苗。使用疫苗的毒株，跟当地流行的越匹配，效果越好。预防口蹄疫，免疫还是最重要的途径之一。
