1、雏鸡的早期免疫途径，也就是免疫受体就是呼吸道的上皮细胞，要是感染支原体后呼吸道的完整性就会受到破坏，首免的免疫效果会很不理想，基础免疫效价本来就很低，所以抵抗不了病毒的入侵，会造成免疫失败，然后会出现多种疾病的混感发生，所称的呼吸道综合症。
2、支原体病主要侵害鸡的呼吸道上皮黏膜细胞，受到破坏后其它病原如，ND，AI病毒等展可以直接进入呼吸道繁殖，当机体抵抗能力下降时(抗体效价接近临界值后)鸡就可以发病。其次由支原体破坏了破坏了呼吸道的上皮黏膜组织后，在环境中的大肠杆菌会迅速繁殖，经过气囊和血液逐渐发展到全身，造成大肠杆菌的爆发。所以说一旦发生了支原体同时就会继发大肠杆菌病。
3、鸡群潜在的免疫抑制病也是加重呼吸道系统病的一个很重要的因素，如传贫，马立克氏病，淋巴白血病，呼肠弧病毒，网状内皮组织增生病，IBD等，IBD本身就是免疫器官，受到侵害或由于过早使用强毒侏疫苗，破坏了法氏囊的免疫功能后，使其他免疫受到了抑制，都会造成呼吸系统疾病的发病率
4、还有就是我们在免疫后(活疫苗)，免疫就是模拟疾病的轻微的发病过程，所以会带来或高或低的免疫反应。如商品肉鸡一般在14天时接种IBD免疫时免疫过后会出现轻微的IBD症状和呼吸道症状，蛋鸡在小日龄过早的接种传喉疫苗后，就会引发传喉的发生，所以疫苗本身就可以增加呼吸道病的病情。
