每种肥料都有其特殊性，如酸碱性、腐蚀性、吸湿性、挥发性、毒性等，储存保管时应依据不同肥料的特性分别采用不同的保管方法；否则，会使肥料变质、养分挥发损失、污染环境、吸潮结块等，造成经济损失和人畜伤害。保存肥料时应注意以下几点：
　 　1. 干燥低温
　　肥料吸湿而引起潮解结块，是储存中的常见重要问题。潮解是由于储存环境中湿度较大，肥料吸收了空气中的水分或环境中不正常情况下产生的水分后而潮解结块，造成养分损失、肥效降低，同时施用起来也不方便。硝态氮肥吸水之后结块甚至化为浆状或溶液，造成施用上不便；碳酸氢铵吸水后在较高温度下自行加快分解，造成氮素损失：所以，硝酸盐、尿素、过磷酸钙、石灰氮和碳酸氢铵等肥料，都必须保存在干燥和相对低温的场所，硝酸盐类和尿素必须用不透水的袋子包装，堆放时底部应垫木块。
　　 2. 防火、防水
　　硝酸盐肥料易燃烧，不能和硫磺、煤油、油布、油纸、油饼类、木炭、锯末等易燃物混存。因为硝酸铵在高温环境或烈日暴晒下会分解出氧，氧能助燃，遇易燃物质会引起燃烧。另外，硝酸铵在局部受热时会产生大量有毒气体，所以，肥料仓库都应有完善的消防设施，人粪尿、厩肥或堆肥上部及四周应用泥封或草盖。保存人粪尿应加盖，或加少量过磷酸钙或石膏（磷石膏最好），以防止氨的损失。草木灰应保存在不受雨淋或风蚀的地方。
　　 3. 防分解
　　凡硫酸铵、氯化铵等铵态氮肥，均不能和碱性物质或碱性肥料，如石灰、石灰氮、纯碱等混合堆存，也不能和石硫合剂、波尔多液等碱性农药混存，以防铵态氮肥分解。
　　 4. 防腐蚀或有毒物质
　　过磷酸钙因含游离酸，腐蚀性强，会灼伤皮肤、衣物，有些肥料会分解出刺激眼睛、咽喉的气体，操作人员应注意防护。
　　此外，细菌肥料要保存在干燥清洁的屋里，避免杂菌感染；还应防止日光直晒，避免日光中紫外线的杀菌作用；要保持低温，使菌肥中的微生物保持休眠状态；菌肥不能与易挥发且有毒害的农药一起保存，因为各种农药对菌体有杀害作用；由于菌肥有一定的有效期，所以保存不能过久，一般有效期为2～3个月。
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