当前，在我国粮食生产中存在着一些困难和问题，直接影响着种粮大户的生产积极性和种粮收益，成为我国保持粮食稳定供给的制约因素。
一是生产成本上涨较快，种粮收益不稳。首先，种粮大户自家劳动力常常不能满足生产所需，雇工现象普遍。其次，农资成本高涨。从2005年到2009年，河南省的农业综合生产成本一直在以10%的速度增加。 二是基础设施条件较差，社会化服务不足。我国的灌溉工程绝大部分建于上个世纪60、70年代，建设标准不高，工程配套条件差，使用寿命较短，严重制约了粮食生产效益的提高。 三是粮食生产的自然风险大，销售价格偏低。2008年，有30个省份提供了种粮大户的经济损失情况，这些损失总计43.82亿元，其中，病害损失17.05%、自然灾害损失44.35%、意外损失1.64%、市场波动36%，自然灾害损失与市场波动对种粮大户的影响最大，两者加起来占到了经济损失的80%以上。 四是取得信贷资金不足，缺乏投入能力。对31个省市的调查表明，2008年种粮大户户均得到贷款1.2万元，每亩贷款87元，其中，规模在30—49亩的种粮大户户均得到2000元，每亩经营面积仅获得贷款53元。 五是土地流转服务不够，长期投入受到制约。当前，种粮大户转入的土地期限普遍较短，其中51.21%的种粮户的土地流转期限是1—2年，19.72%的种粮户的流转期限为3—5年。
